Espressione genica e NGS

//Espressione genica e NGS
Espressione genica e NGS2019-07-15T12:52:46+00:00

Nanostring

– nCounters Molecules that count

Nanostring

La tecnologia brevettata di NanoString utilizzata nel sistema di analisi nCounter è una vera metodica di rilevamento digitale in grado di eseguire il  profiling diretto delle singole molecole in una sola reazione senza necessità di reazioni enzimatiche e con un elevatissimo grado di multiplex. Il principio si basa sulla marcatura di ogni singola molecola di acido nucleico target con un color coded- barcode unico.
La marcatura viene resa possibile, nel caso di DNA e RNA dall’ibridizzazione delle molecole di acido nucleico con sonde specifiche, mentre nel caso di Proteine dall’interazione con uno specifico anticorpo.Successivamente le sonde ibridizzate vengono spottate su fase solida nella cartuccia di analisi dedicata. Grazie all’elevato grado di automazione, il workflow è altamente semplificato e richiede un intervento da parte dell’operatore per un tempo complessivo di 15 minuti, massimizzando le performance del sistema e riducendo al minimo la possibilità di errore. Gli step di pipettamento richiesti per il set up sono 4. nCounter è una piattaforma completa che non richiede ulteriore strumentazione dedicata per poter lavorare diversa da quella convenzionalmente presente nel laboratorio di biologia molecolare.

nCounter System la soluzione per lo studio di espressione genica. Il nuovo sistema rapido e semplice, per lo studio della gene expression attraverso il rilevamento digitale di acidi nucleici (DNA, RNA) utilizzando un sistema completamente automatico sia nella fase di preparazione (Prep Station) sia nella fase di lettura (Digital Analyzer).

nCounter Sprint Profiler System

La Piattaforma è in grado di effettuare lo studio di 800 target, in contemporanea per campione, per analisi di espressione genica (mRNA e miRNA, Copy Number Variation (DNA) in modo completamente automatico e senza la necessità di amplificazione del segnale o l’esecuzione di una step di PCR. Questo permette di evitare gli inconvenienti normalmente derivanti dall’uso di sistemi enzimatici, come l’introduzione di bias e quindi la creazione di errori nelle sequenze di interesse. Nanostring rappresenta una delle metodiche più robuste attualmente sul mercato e permette di lavorare su materiale estratto anche da campioni altamente degradati come tessuto firssato in formalina ed incluso in paraffina (FFPE).
Lo strumento nCounter SPRINT Profiler opera in due fasi distinte. La prima fase utilizza un sistema di microfluidica multicanale per la purificazione dei complessi target-sonde, mentre elimina le sonde non legate. Questi complessi vengono poi immobilizzati e allineati su di una superficie della cartuccia che viene poi scansionata nella seconda fase di microscopia digitale. Le immagini risultanti vengono poi automaticamente interpretate per fornire all’utilizzatore le conte per ogni reporter barcode. Le due fasi avvengono all’interno dello stesso strumento.

  • Analisi da 20 a 800 geni per singola reazione

  • No PCR o amplificazione del segnale. Metodica basata su ibridazione e conta diretta delle molecole target.

  • Elevato grado di automazione: 10 minuti di totale hands on time

  • Possibilità di analizzare RNA-DNA-Proteine in un singolo tubo: 3D biology

  • Flessibilità applicativa: mRNA, miRNA, miRGE, CNV, single cell, Chip string, fusion genes, mRNA:Protein

  • Flessibilità nella tipologia di campioni

  • Elevate performance anche su lisati

approfondisci sul sito
nCounter Sprint Profiler System

nCounter FLEX Analysis System

La prima e unica piattaforma in grado di effettuare lo studio di 800 target, in contemporanea per campione, per analisi di espressione genica (mRNA e miRNA), Copy Number Variation e SNV (DNA) e Proteine, in modo completamente automatico e senza la necessità di amplificazione del segnale o l’esecuzione di una step di PCR. Questo permette di evitare gli inconvenienti normalmente derivanti dall’uso di sistemi enzimatici, come l’introduzione di bias e quindi la creazione di errori nelle sequenze di interesse. Il sistema si compone di due parti strumentali:

nCounter Prep Station Strumento automatico per la purificazione del complesso molecola target-probe e successiva immobilizzazione nel supporto dedicato per la lettura. Tutti gli step vengono eseguiti in totale automazione, in ambiente chiuso, senza intervento dell’operatore.

nCounter Digital Analyzer Scanner automatico utilizzato per contare il numero di target differenziati sulla base di probe univoci per ogni singolo target studiato. Il risultato viene fornito in formato Excel per un’analisi immediata e semplice del dato.

  • Analisi da 20 a 800 geni per singola reazione

  • No PCR o amplificazione del segnale. Metodica basata su ibridazione e conta diretta delle molecole target.

  • Possibilità di testare multipli geni di riferimento per ogni singolo campione

  • Controlli positivi e negativi integrati nel codeset ed in ogni singola reazione

  • Elevato grado di automazione: 15 minuti di totale hands on time

  • Possibilità di analizzare RNA-DNA-Proteine in un singolo tubo: 3D biology

  • Flessibilità applicativa: mRNA Protein, SNV, miRNA, miRGE, CNV, single cell, Chip string, fusion genes, mRNA:Protein, Protein

  • Flessibilità nella tipologia di campioni (acidi nucleici estratti da FFPE, lisati cellulari, tessuti freschi, cellule, fluidi biologici)

  • Elevate performance anche su lisati

  • Nessun approccio bioinformatica richiesto per l’analisi del dato

approfondisci sul sito
nCounter FLEX Analysis System
nCounter Workflow

Loop Genomics

Loop Genomics

Loop Genomics è un service lab che ti permette di analizzare i tuoi dati senza il supporto di un bioinformatico.  Scegli il kit che fa per te, analizza i dati su piattaforma Illumina e ricevi il dato processato. Ogni kit viene fornito con tutti i reagenti necessari per ottenere dal DNA genomico estratto o dall’RNA una library pronta per il sequenzionamento.

Loop genomics worfkflow

Scarica le brochure e scopri di più:

approfondisci sul sito

Takara Clontech

SMARTer NGS

L’obiettivo di Takara Bio è fornire prodotti best-in-class di elevata qualità che permettano al ricercatore di superare eventuali problemi tecnici e
soffermarsi più attentamente allo sviluppo delle conoscenze scientifiche. L’ampio portfolio NGS di Takara Bio è dotato di una notevole sensibilità e riproducibilità per soddisfare tutte le tue esigenze nelle operazioni di sequenziamento, indipendentemente dal tipo di campione e dalla quantità del materiale in entrata.

Scarica le brochure per saperne di più:

approfondisci sul sito

Mission Bio

Mission Bio Tapestri

Mission Bio ha sviluppato la prima ed unica piattaforma per Single Cell Targeted DNA Seq per soluzioni ad alto impatto nella medicina personalizzata.
Quando si studia o si cura il cancro, non si vuole perdere neanche una singola cellula. Qualsiasi cellula che dovesse rimanere dopo il trattamento può provocare una ricaduta. La piattaforma Tapestri® di Mission Bio è l’unica tecnologia che fornisce il sequenziamento del DNA specifico di una singola cellula con risoluzione su single-base.

Tapestri è la prima piattaforma di analisi del DNA a livello di singola cellula modulabile e personalizzabile del settore. La piattaforma di Mission Bio è stata sviluppata per aiutare a far progredire la medicina di precisione, consentendo la rilevazione accelerata e accessibile della variabilità genomica all’interno delle popolazioni cellulari. Sfruttando la microfluidica a goccia, la piattaforma consente di accedere al DNA a livello di singola cellula con un nuovo flusso di lavoro in due fasi che permette l’utilizzo di pannelli di ampliconi, anche custom. Questa metodologia offre flessibilità per ulteriori applicazioni e funzionalità di personalizzazione.

Scarica le brochure e scopri di più:

approfondisci sul sito

siTOOLs Biotech

SMARTer NGS
Ready-made riboPOOLS

L’identificazione di RNA scientificamente rilevanti attraverso l’utilizzo della Next Generation Sequencing dell’RNA (RNA-Seq) è spesso limitata dalle alte quantità di RNA ribosomiale che, in alcuni casi, è presente per oltre il 90% nelle reads ottenute. Tuttavia, le attuali soluzioni di RNA depletion posso essere molto costose e non mirate a determinate specie.

Per questo motivo nasce siTOOLs Biotech: la mission dell’azienda tedesca è quella di fornire una gamma di prodotti, flessibile ed economicamente accessibile, che consenta agli addetti di effettuare la deplezione dell’RNA ribosomiale da ogni specie (da human, a mouse fino ai batteri) in totale libertà.

riboPOOL

Il kit riboPOOL (Ribosomal RNA depletion pools) permette la rimozione dell’RNA ribosomale, in maniera estremamente flessibile, fornendo al ricercatore una selezione di riboPOOLs e, allo stesso tempo, gli consente di creare il suo riboPOOL personalizzato per soddisfare ogni specifica esigenza. L’elevata efficienza di riboPOOL e la sua tecnologia all’avanguardia rendono il kit ideale per lavorare su determinate specie e per semplificare le complessità del sequenziamento, con prestazioni da record: offre infatti una deplezione del 10% dell’ RNA in più rispetto alle attuali soluzioni in commercio.

Perche scegliere riboPOOL?

  • Risultati specifici ed efficienza elevata

  • Versatile e adatto ad ogni specie

  • Prezzo ridotto rispetto alle soluzioni attualmente presenti sul mercato

  • Deplezione personalizzata dell’RNA

  • Applicabile all’RNA non poliadenilato

  • Ideale per applicazioni metagenomiche e per campioni contenenti più specie.

siPOOL

siPOOL

Il kit siPOOL, ideato per un silenziamento genico chiaro e mirato, è un prodotto semplice, intuitivo e applicabile a diversi tipi di cellula. Grazie alle sue caratteristiche è in grado di rimuovere effetti off-target e incrementare l’affidabilità e l’accuratezza dei risultati (Hannus et al., 2014).
Con algoritmi di progettazione proprietari, le sequenze di siRNA all’interno di siPOOL sono anche ottimizzate per ottenere la massima copertura dei trascritti, un’ibridazione efficiente e filtrata contro i paraloghi, consentendo un silenziamento genico estremamente efficiente e specifico. I siPOOL sono strumenti ideali nella scoperta di farmaci per la validazione del target e l’identificazione del target con librerie siPOOL personalizzate o pronte all’uso.

Perchè scegliere siPOOL?

  • Utilizzo semplice e veloce

  • Efficienza e specificità elevata

  • Fenotipo uniforme

  • Garanzia inclusa di validazione

  • Design personalizzato in base alle annotazioni più recenti

  • Purificato PAGE e non tossico

Scarica le brochure per saperne di più:

approfondisci sul sito

Entriamo in contatto

Scrivici per approfondire le nostre soluzioni e scoprire come possiamo supportare la tua ricerca scientifica.

RICHIEDI UN APPUNTAMENTO