Espressione genica e proteomica

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Espressione genica e proteomica2020-03-06T14:41:16+00:00

Nanostring

– nCounters Molecules that count

Nanostring

La tecnologia brevettata di NanoString utilizzata nel sistema di analisi nCounter è una vera metodica di rilevamento digitale in grado di eseguire il profiling diretto delle singole molecole in una sola reazione senza necessità di reazioni enzimatiche e con un elevatissimo grado di multiplex. Il principio si basa sulla marcatura di ogni singola molecola di acido nucleico target con un color coded- barcode unico.
La marcatura viene resa possibile, nel caso di DNA e RNA dall’ibridizzazione delle molecole di acido nucleico con sonde specifiche, mentre nel caso di Proteine dall’interazione con uno specifico anticorpo. Successivamente le sonde ibridizzate vengono spottate su fase solida nella cartuccia di analisi dedicata. Grazie all’elevato grado di automazione, il workflow è altamente semplificato e richiede un intervento da parte dell’operatore per un tempo complessivo di 15 minuti, massimizzando le performance del sistema e riducendo al minimo la possibilità di errore. Gli step di pipettamento richiesti per il set up sono 4. nCounter è una piattaforma completa che non richiede ulteriore strumentazione dedicata per poter lavorare diversa da quella convenzionalmente presente nel laboratorio di biologia molecolare.

nCounter System la soluzione per lo studio di espressione genica. Il nuovo sistema rapido e semplice, per lo studio della gene expression attraverso il rilevamento digitale di acidi nucleici (DNA, RNA) utilizzando un sistema completamente automatico sia nella fase di preparazione (Prep Station) sia nella fase di lettura (Digital Analyzer).

nCounter SPRINT Profiler System

nCounter Sprint Profiler System

La Piattaforma è in grado di effettuare lo studio di 800 target, in contemporanea per campione, per analisi di espressione genica (mRNA e miRNA, Copy Number Variation (DNA) in modo completamente automatico e senza la necessità di amplificazione del segnale o l’esecuzione di una step di PCR. Questo permette di evitare gli inconvenienti normalmente derivanti dall’uso di sistemi enzimatici, come l’introduzione di bias e quindi la creazione di errori nelle sequenze di interesse. Nanostring rappresenta una delle metodiche più robuste attualmente sul mercato e permette di lavorare su materiale estratto anche da campioni altamente degradati come tessuto fissato in formalina ed incluso in paraffina (FFPE).
Lo strumento nCounter SPRINT Profiler opera in due fasi distinte. La prima fase utilizza un sistema di microfluidica multicanale per la purificazione dei complessi target-sonde, mentre elimina quelle non legate. Questi complessi vengono poi immobilizzati e allineati su di una superficie della cartuccia successivamente scansionata, nella seconda fase di microscopia digitale. Le immagini risultanti vengono automaticamente interpretate per fornire all’utilizzatore le conte per ogni reporter barcode. Le due fasi avvengono all’interno dello stesso strumento.

  • Analisi da 20 a 800 geni per singola reazione

  • No PCR o amplificazione del segnale. Metodica basata su ibridazione e conta diretta delle molecole target.

  • Elevato grado di automazione: 10 minuti di totale hands on time

  • Possibilità di analizzare RNA-DNA-Proteine in un singolo tubo: 3D biology

  • Flessibilità applicativa: mRNA, miRNA, miRGE, CNV, single cell, Chip string, fusion genes, mRNA:Protein

  • Flessibilità nella tipologia di campioni

  • Elevate performance anche su lisati

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nCounter Sprint Profiler System

nCounter FLEX Analysis System

nCounter FLEX Analysis System

La prima e unica piattaforma in grado di effettuare lo studio di 800 target, in contemporanea per campione, per analisi di espressione genica (mRNA e miRNA), Copy Number Variation e SNV (DNA) e proteine, in modo completamente automatico e senza la necessità di amplificazione del segnale o l’esecuzione di uno step di PCR. Questo permette di evitare gli inconvenienti comuni relativi all’uso di sistemi enzimatici, come l’introduzione di bias e quindi la creazione di errori nelle sequenze di interesse. Il sistema si compone di due parti strumentali:

nCounter Prep Station: Strumento automatico per la purificazione del complesso molecola target-probe e successiva immobilizzazione nel supporto dedicato per la lettura. Tutti gli step vengono eseguiti in totale automazione, in ambiente chiuso, senza intervento dell’operatore.

nCounter Digital Analyzer: Scanner automatico utilizzato per contare il numero di target differenziati sulla base di probe univoci per ogni singolo target studiato. Il risultato viene fornito in formato Excel per un’analisi immediata e semplice del dato.

  • Analisi da 20 a 800 geni per singola reazione

  • No PCR o amplificazione del segnale. Metodica basata su ibridazione e conta diretta delle molecole target.

  • Possibilità di testare multipli geni di riferimento per ogni singolo campione

  • Controlli positivi e negativi integrati nel codeset ed in ogni singola reazione

  • Elevato grado di automazione: 15 minuti di totale hands on time

  • Possibilità di analizzare RNA-DNA-Proteine in un singolo tubo: 3D biology

  • Flessibilità applicativa: mRNA Protein, SNV, miRNA, miRGE, CNV, single cell, Chip string, fusion genes, mRNA:Protein, Protein

  • Flessibilità nella tipologia di campioni (acidi nucleici estratti da FFPE, lisati cellulari, tessuti freschi, cellule, fluidi biologici)

  • Elevate performance anche su lisati

  • Nessun approccio di bioinformatica richiesto per l’analisi del dato

nCounter Workflow
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nCounter FLEX Analysis System
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GeoMx Digital Spatial Profiler

Nanostring GeoMX DSP

Risolvere l’eterogeneità del campione
Il tradeoff tra Spatial information e high-plex

Comprendere l’eterogeneità tissutale è un aspetto fondamentale per rispondere alle domande chiave in ambito biologico nella ricerca traslazionale. L’attuale paradigma di analisi dei tessuti necessità un tradeoff tra analisi morfologica e high-plex, sacrificando così informazioni di valore o campioni preziosi.

GeoMxTM DSP – il tuo GPS per la biologia

Il GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP) di Nanostring combina le migliori tecnologie di profilazione spaziale e molecolare grazie alla generazione di un’immagine del tessuto con una risoluzione a livello di singola cellula e profili di 10 – 1000 differenti RNA o proteine. Questa esclusiva profilazione spaziale, che combina dati di high-plex ed high-troughput, permette al ricercatore di valutare in modo rapido e quantitativo le implicazioni biologiche dell’eterogeneità nei campioni di tessuto.

Localizza le tue regioni di interesse

La selezione, basata su tecnologia ad illuminazione diretta e regolabile, consente di avere differenti modalità di profilazione dinamiche:

  • Geometric Profiling: permette di valutare l’eterogeneità tissutale con forme geometriche standardizzate attraverso regioni di tessuto distinte;
  • Rare cell Profiling: marker morfologici specifici per differenti tipi di cellule guidano la profilazione, rivelando la funzione di distinte popolazioni cellulari;
  • Gridded Profiling: esegue una profonda mappa spaziale grazie ad un pattern a griglia regolabile;
  • Segment Profiling: massimizza la cellularità utilizzando marker morfologici per identificare e profilare compartimenti biologici distinti all’interno di una ROI (Region of Interest);
  • Contour Profiling: la regione d’interesse (ROI) illuminata consente di valutare come la prossimità influenza sia la risposta biologica che il microambiente locale attorno ad una struttura centralizzata.
Nanostring slide

Esplora i tuoi dati

Tracciabilità totale (100%), dalla profilazione dati alle immagini di tessuto: selezionando specifici dati di profilazione il tool GeoMX Data Analysis mostrerà in modo automatico l’immagine del tessuto corrispondente ad una ROI e vice versa.

GeoMX DSP fornisce un’interfaccia allineata alle esigenze del ricercatore

  • Easy to streamline: integrazione facile e veloce tra data collection e analisi dati;
  • Easy to analyze: i dati di imaging e profilazione sono sempre connessi tra di loro
  • Easy to collaborate: accesso multi utente e in contemporanea ai dati.

Scopri il tuo biomarker
Contenuto flessibile e pre-verificato per soddisfare ogni esigenza di ricerca

I saggi GeoMX sono modulari e ottimizzati per una performance robusta attraverso i campioni. Seleziona un core di analisi e fino a 6 differenti moduli per analizzare un massimo di 96 target con un singolo vetrino. Il contenuto disponibile copre l’immunologia, l’immunoncologia, le patologie neurodegenerative e neuroinfiammatorie. Inoltre, ulteriori proteine o RNA definiti dall’utente possono essere inseriti grazie al Protein Barcoding Service e all’offerta di RNA custom.

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